Como en cualquier otro tratamiento térmico, el microondas produce la pérdida de nutrientes sensibles al calor, caso de algunas vitaminas. Por tanto, no es ni mejor ni peor.

La naturaleza de las reacciones químicas que se producen en el calentamiento con microondas es idéntica a la de los calentamientos convencionales. Por lo tanto, afectará a los alimentos del mismo modo que puede hacerlo otro tipo de calentamiento a igual temperatura.

Ahora bien, dadas las altas temperaturas que se alcanzan al utilizar el microondas, es aconsejable reducir su uso en la cocina en la medida de lo posible. Puede ser peor que otros sistemas para preparar los alimentos, puesto que cuanta mayor sea la temperatura, mayor será la destrucción de nutrientes sensibles al calor.

A pesar de que en algunas ocasiones han surgido estudios que parecían apuntar hacia posibles efectos nocivos sobre la salud derivados de los alimentos tratados con microondas, después de más de medio siglo de utilización en el ámbito doméstico, no ha podido corroborarse ninguno de los efectos adversos señalados.